兩岸服貿爭議有二：經濟利益與國家安全。經濟利益較容易評估，
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，且可以透過補貼化解利益分配爭議。例如，
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，部分受害產業可以不列入開放清單，
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，或者政府可以補貼這些產業，
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，包括可能受害勞工。這正是政府編列982億因應貿易自由化的產業調整基金。但是，
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，國家安全的爭議至今仍無解。根據台灣指標民調在今年3月公布的民調，
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，32.7%的民眾認為兩岸服貿協議對台灣經濟是利大於弊，
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，35.8%認為是弊大於利，兩者的差距不大；但在國家安全與主權方面，21.2%的民眾認為是利大於弊，50.0%認為是弊大於利。也就是說，民眾拒絕兩岸服貿協議的很大原因是國家安全因素。國家安全顧慮來自兩方面：不確定性與恐懼。兩岸關係錯綜複雜、史無前例，因此充滿不確定性，沒有過去的經驗可以適當評估國家安全風險程度。其次，恐懼不容易測量，更不容易化解。舉例而言，在2008年以前，國民兩黨政府都認為兩岸直航會造成國家安全顧慮。但是，現在每周有828班飛機直航兩岸。台灣的國家安全正受到嚴重威脅嗎？還是以前政府的國家安全評估是錯誤的？其次，不少人擔心台灣經濟過度依賴大陸，所以認為台灣必須分散市場。但是，台灣依賴大陸市場多少才算是安全警戒上限？台灣對大陸出口依賴程度在2000年為16.9%，2006年增加將近一倍到28%，目前大概維持這個比率。現在的台灣是安全還是不安全？應先兩岸試點開放目前審議中的行政院版兩岸協議監督條例有一個國安審查機制，要求協議的主管機關應將協商議題及內容，先進行國家安全評估，提報行政院跨部會審查，之後再提報國家安全會議進行複審，確保兩岸協議不會有危害國家安全之問題，才可以繼續辦理後續協商及協議簽署事宜。馬總統不認為兩岸服貿協議會造成台灣的國家安全威脅，但是民眾的看法顯然不是如此。馬政府在事後組成國安機制審查兩岸服貿協議，會得到威脅台灣國家安全的結論嗎？未來兩岸貨品貿易協議透過這樣的國安機制審查，朝野政黨能息紛止爭嗎？台灣民眾會安心嗎？相信答案都是否定的。要如何化解國安疑慮？首先，政府應該透過兩岸試點開放，以便累積經驗評估國安風險。其次，政府應委託不同政黨智庫進行國安評估報告，並且公開政府及委託報告供全民檢驗。第三，在兩岸協商過程，政府應即時進行朝野與社會溝通。第四，建立協議後監督與管制機制。在總統府成立台灣經濟安全與政治民主委員會，跨黨派、產官學研、社會賢達共同參與，監督與管制危害台灣政治自主的開放後果。（作者為政大國發所特聘教授），