龍鑾潭最具代表性的度冬雁鴨水鳥「鳳頭潛鴨」（又稱澤鳧），
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，往年數量逾千隻，
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，但102年度數量腰斬，
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，103年度更創下新低，
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，不到平均的1/10，
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，專家猜測，可能是龍鑾潭周邊環境遭破壞，鳳頭潛鴨到其他地方度冬。根據墾丁國家公園的新年鳥類調查，鳳頭潛鴨是龍鑾潭最大的度冬族群，過去30年數量都在千隻以上，81年度更突破2000隻。但102年度只剩438隻，103年度更只剩下89隻。104年度調查結果雖未出爐，但粗估也只有百餘隻，數量雖稍有回升，卻也只有平均值的1/10。連續3年數量銳減，墾丁鳥達人蔡乙榮說，可能和龍鑾潭周邊環境遭破壞有關，加上鳳頭潛鴨度冬地原本就偏北，若北邊有更適合的地方，自然會留在北邊。他說，30多年前，鳳頭潛鴨最大棲地是高雄的澄清湖，但因為建設長庚醫院、棒球場等，周圍溼地都被填掉，人類干擾變大，水質變差，主要棲地才南遷到龍鑾潭。近年因墾丁觀光發展迅速，龍鑾潭周邊部分溼地、農地也被填土，也影響到度冬鳥類。而高雄茄定、嘉義鰲鼓的溼地保育情況良好，鳥友們發現鳳頭潛鴨數量變多了，可能龍鑾潭的鳳頭潛鴨已移到這兩處度冬。特有生物研究保育中心去年起進行「新年數鳥嘉年華」，調查全台鳥類數量，不過因資料太少，尚無法做為參考依據，再觀察幾年，或許就能有確定答案。鳳頭潛鴨數量銳減後，超過200隻以上花嘴鴨已成為龍鑾潭最大族群。蔡乙榮說，花嘴鴨原本是冬候鳥，但10年來已在龍鑾潭定居。，