國內兩大肅貪機關廉政署、調查局，
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，因辦案搶功、踩線起心結。法務部召集兩機關首長、二審檢察長開會協調，
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，確立「先立案者先辦」、「案件偵辦權交由一、二審檢察長定奪」等原則。法務部擔心兩機關日後仍攻訐對方，
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，要求雙方在四月十日前，
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，合擬「職務聯繫辦法」，
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，將雙方長久的分工、踩線問題，
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，白紙黑字明文化。
兩大肅貪機關的恩怨可追溯至十年前。八十九年政黨輪替後，
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，前法務部長陳定南積極推動成立廉政署，
專利歸屬
，引起調查局的強烈反彈。調查局透過國會遊說運作，
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，阻延成立廉政署超過十年。直到馬政府上台，廉政署才在前年七月成立。
政府高層原本希望調查局與廉政署能「分進合擊」、「火網交叉」，與檢方成為肅貪鐵三角。但自廉政署成立後，因肅貪職權與調查局重疊，雙方衝突一觸即發。
廉政署成立後，將過去的政風系統「一條鞭」管控，導致調查局肅貪案源日漸減少。再加上廉政署加入駐斐濟前代表秦日新貪汙案行列、及廉政署搶發海關貪汙案新聞等爭端，終讓雙方心結浮上檯面。
去年二月，調查局因不滿廉政署將無涉貪汙的違反政府採購法（圍標）案件，輾轉透過地檢署發交調查局處理，大動作函請法務部長曾勇夫主持公道，要求明確劃分案件責任歸屬。
當時法務部政次吳陳鐶首次邀集雙方開會，就雙方法定職掌、分工進行討論。決議由承辦檢察官視個案來決定交由廉政署或調查局處理，雙方也表示願意遵照決議辦理。
不過，一年來，廉、調心結、紛爭依舊難解，仍在暗中角力。法務部認為，兩大肅貪機關因砲口向內而內耗，為解決雙方心結，還成立「統合肅貪能量規畫小組」因應。
前天上午，法務部政次陳明堂邀調查局長王福林、新任廉政署長朱坤茂，及台灣高檢署檢察長陳守煌等二審檢察長開會，再針對兩機關肅貪分工業務、整合進行協調。
會中決議，肅貪案件偵查權由原本的承辦檢察官，改為一、二審檢察長決定，無跨轄區案件，立案先者優先辦，若有爭議再由轄區一審檢察長決定；對於跨轄區案件，則由管轄區的二審檢察長定奪。，