本案緣起於102年6月23日19時許，
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，陸軍第542旅旅部連洪仲丘下士及宋姓一等兵於返營收假，
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，在該旅新竹湖口第3營區2號門，
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，被待命班人員查獲洪士攜帶照相功能手機及MP3播放器各乙具，
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，宋兵攜帶智慧型手機乙具，
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，除逐級通報高勤官沈威志少將外，
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，並通知該管旅部連。
旅部連副連長劉延俊上尉依規定為該連資訊安全長，甫於102年6月6日到任，其接獲通知後，恐因此可能遭受懲處，乃立即協請管理衛哨之陳中尉不要向上回報，直接交由該連處理，惟陳員表示已逐級回報，並稱洪、宋二人受檢時意圖規避且態度不佳。
明知士官僅能申誡
劉延俊就是要關他
劉延俊除以電話回報連長徐信正少校外，並於同日主持該連晚點名時，當眾怒責洪、宋2人，「我如果可以關你30天，絕對不會關你15天，如果可以關你14天，絕對不會關你7天」、「我會以最重的懲罰來處罰你」，劉員明知依「國軍資訊安全獎懲基準規定」(已於102年5月22日停止適用，同日訂定發布「國軍資通安全獎懲規定」)，士官應核予申誡乙次至二次處分、士兵應施以禁閉1至7日處分，惟於晚點名後，仍要求該連張姓人事上士查閱懲罰規定，並以電話查詢以往作法，經張員電話詢問旅部資訊官趙中尉循例答稱「義務役士官與士兵應為相同之禁閉懲罰。」
劉徐范早心生不滿
趕在退伍前教訓洪
6月24日7時許，劉延俊偕同徐信正及該連代理士官督導長范佐憲上士討論，徐、范二人因對洪仲丘曾於102年5月6日竄改個人體測成績以爭取提早假而遭該連查獲，嗣因洪員表示日後欲考公職，不希望留下污點，始改罰勤7日，洪員事後卻以退伍在即而提出免除值星班長勤務等情，早已心生不滿，3人均意圖藉此機會教訓洪員，乃基於共同犯意之聯絡，決定利用徐員身為連長，對士官有悔過懲罰之職權，將洪仲丘送至陸軍第269旅之禁閉(悔過)室予以悔過懲罰，劉延俊並考量洪仲丘即將於102年7月6日退伍，乃命范佐憲儘速召開「士官獎懲作業評議委員會」。迄6月25日17時許，范佐憲始湊足陳以人士官長等在營士官幹部7人，召開士評會。
士評會由范佐憲擔任主席，先由張姓人事士援引資訊官回覆內容，宣達：「義務役士官應比照士兵受禁閉1至7日處分」後，范佐憲即主動提議應對洪仲丘施以禁閉7日懲罰，席間部分委員以洪員退伍在即，提議對洪員施以較輕微之罰勤或禁足懲罰，范則反對稱：「罰勤跟禁足，他(指洪仲丘)也不會痛啊！」
陳以人因平日與范佐憲交好，復因洪仲丘擔任值星班長時，多次未依其值星排長之要求提早集合部隊而對洪員早已不滿，乃決意力挺范佐憲，並以「洪仲丘之前罰勤(指洪仲丘5月份因過犯遭懲罰7日)都罰不完，罰勤對他沒有用，要給他禁閉！」等語加以反駁。
禁閉室空位問題
徐信正請何協助
另有委員提出「269旅禁閉室倘無空位，亦無法執行禁閉懲罰」之不同意見，范佐憲仍堅持士評會應作成禁閉懲罰結論，並當場表示：「禁閉室空位問題，將請連長徐信正聯繫該旅副旅長何江忠上校協處，另洪仲丘如受禁閉懲罰，即無法於退伍後報考公職」等語，進而強勢主導士評會投票，肇致與會委員全數同意洪、宋二人均應受禁閉7日懲罰。
洪仲丘於獲知士評會對其作出悔過7日懲罰決議後，曾於102年6月26日某時，向徐信正提及「因得知悔過懲罰之執行，須先至軍醫院完成體檢取得報告後，始得辦理後續簽報旅長核准執行之程序，而一般體檢流程至少需時一週，依此推論，其於7月6日退伍前應可免受悔過懲罰之執行」等語，適同(26)日晚間19時許，陳以人為確保洪員能於退伍前受悔過懲罰，乃向徐信正提議尋求副旅長何江忠協處，渠2人立即前往旅部向何員請求協處，期間徐信正告知何員有關洪仲丘自認退伍前應可免受悔過懲罰之執行等語，請何江忠協助詢問269旅禁閉室有無空床位可供執行。
何江忠身為該旅副主官亦兼任該旅資訊安全長，對於102年5月22日公布之「國軍資通安全獎懲規定」，軍、士官未經核准攜帶民用通信資訊器材出入營區應核予申誡懲罰之規定當無不知之理，然其為維護幹部領導威信，及防止該旅再有資安違規情事發生，竟漠視上開規定，除向徐、陳二人表示：將詢問269旅悔過室是否尚有空床位。另要求徐信正應儘快完成洪、宋二人懲罰案上呈事宜。
「不快把他抓去關
我就抓你去關！」
徐信正於獲何江忠允諾後，返回該連即指示排長尤中尉，於翌(27)日帶領洪、宋二人至國軍桃園總醫院新竹分院(下稱新竹分院)實施體檢。翌(27)日10時許，陳以人為達成使洪員於退伍前受悔過懲罰之目的，主動向徐信正表示，前因辦理人才招募業務，曾帶領考生至新竹分院，結識該院體檢中心林姓護士，可協調儘速取得體檢表。
陳以人即偕同范佐憲於同(27)日11時10分抵新竹分院，旋獲林姓護士允諾：「如果單位有需要，可以盡量幫忙服務」，同(27)日16時30分陳以人接獲電話通知新竹分院已完成洪、宋二人體檢表。
被告何江忠因先前已允諾代為詢問269旅禁閉室是否尚有空床位，同(27)日16時40分許，利用與269旅副旅長黃上校同赴聯演中心執行任務返程同車之際，向黃員探詢得知尚有空床位得執行悔過懲罰後(此部分業經查明陸軍269旅悔過室共有2間，可容納4人，102年6月27日16時40分時僅收容2員士官各住一間執行悔過，尚有2空床位)，旋即於同(27)日16時43分寄發簡訊內容為「有床位，明天可以關了」之訊息予徐信正。
何江忠同(27)日18時許返營後，得知旅部連尚未呈報洪仲丘悔過案，乃於晚餐期間在該旅餐廳內面告徐信正「如果不趕快把他(指洪仲丘)抓去關，我就抓你去關！」何員復於同(27)日19時許撥打行動電話予徐信正，再次催詢進度，迨同(27)日20時許仍未見該案上呈，遂在該旅102年第3季士官暨士兵志願留營評審會開會時斥責徐信正：「旅部連！你們連上竟然有這麼囂張跋扈的人，說要退伍了關不到他，我已經協調好269旅副旅長，禁閉室有位子，趕快把程序完備，會議資料上呈旅部，明天早上把他送去禁閉室，你不關他換我關你！」
不理洪求救簡訊
沈威志率核簽呈
沈威志於前開核定洪仲丘懲罰移送執行案前，曾於102年6月27日22時34分及35分許接獲簡訊內容為「主任好，我是旅部連下士洪仲丘，由於我攜帶違禁品被懲處禁閉7日，但我有輕微幽室恐懼症，我不知道我能否撐過這7天，我今天有向心衛中心提出這問題，但似乎沒用，我甚至懷疑整個程序的正當性及完整性，今天剛體檢完，體檢報告馬上出來，今天心衛中心剛約談完馬上明天就送進禁閉室，似乎完全無視我的身心狀況，我承認我的過錯及接受我的懲處，我只是不確定以我的狀況是否能熬過這7天，以及質疑整個程序的合法性。」
「另外我今日體檢我看到連上士官長拿著飲料過去813請體檢部門的人，我不知道是否因為這樣以致於我體檢報告如此迅速出爐，還是因為我是屆退人員為了快速懲處而一切程序即可馬虎且粗糙，這整個程序讓我覺得相當無力及無奈，迫於無奈只好傳簡訊告知主任這情形，有打擾到主任的地方我感到相當地報(應為「抱」之誤植)歉，謝謝主任！」
沈威志身為單位主官，又曾於國防部服務期間兼任資訊安全長職務(曾任職前國防部參謀本部作計室副組長、副處長)，對於所屬呈轉洪員悔過懲罰案，明知士官資安違規僅應受申誡懲罰，況核批該簽呈前一日(即27日)已接收閱覽洪仲丘上開簡訊，竟未指示業管查明簡訊反映「身心狀況不佳」、「程序合法性」等異常情形，即配合所屬急於將洪員移送悔過懲罰之心態，率予核定洪員悔過懲罰案簽呈。
縱其批註「一、可。二、請旅參謀主任約談該員為何違反規定，另是否有其他申訴。」復於核批簽呈後之102年6月28日7時1分許轉傳洪員前開求援簡訊予政戰主任戴家有上校並實施約談，惟均係對洪員執行悔過前之心緒安撫，顯屬虛應故事之作法。6月28日上午10時許，洪仲丘由范佐憲以該單位公務車送抵陸軍269旅禁閉室。
洪睡眠差累積疲勞
管理士疏忽未注意
洪仲丘下士於102年6月28日10時許至269旅禁閉室報到，原應實施悔過處分至同年7月4日止，詎蕭志明、宋浩群、羅濟元、李侑政、黃聖荃、陳嘉祥、張豐政、侯孟南、李念祖及黃冠鈞等10員本應注意遵守規定，關心洪仲丘日常生活及體力負荷，並循序對其實施體能訓練，自洪員進入禁閉室後，尤應注意時值夏令期間天候炎熱，且洪員（身高172.5公分，體重98公斤，BMI值達33）應依人員分類列為高危險群人員，特別注意觀察其生理徵候。
又陳毅勳等8員管理士分別於擔任禁閉室夜間安全士官時，均確已留意到洪仲丘自102年6月28日進入禁閉室開始，每日夜間就寢時，因受限於悔過室內空間不足（悔過室長度僅175公分），洪員須採屈膝縮腿姿勢就寢，且天氣燥熱加以通風不良，致徹夜輾轉無法入睡，洪員自報到初始，於各項體能活動及基本教練課程中，體力尚堪負荷，與其他禁閉（悔過）生相較，甚至可以提早完成訓練課目，等待其他禁閉（悔過）生操作完畢。
惟因睡眠品質不佳，累積疲勞導致體力日漸流失，依渠等擔任室長、副室長及管理士職務期間之各項客觀狀況，均無不能注意之情事，惟竟疏未注意，分別於禁閉室戶外操練場對洪員操課時，渠等雖均有適時予禁閉（悔過）生補充水分，惟均未依規定下達安全規定，於危險係數超過40達「危險」之危安狀況時，亦未視當時天候狀況適時調整操課服裝或場地，且雖明知洪仲丘體型較胖，體力負荷及體能狀況，應列高危險群人員加強照顧，又其自6月28日起每日均因睡眠不足，累積疲勞未獲充分休息致體力負荷超量，仍未調整洪仲丘之操課進度或方式，致其體力於數日內快速流失，身心嚴重失衡。
陳毅勳苛虐70分鐘
殘酷訓練有違人道
陳毅勳於奉派支援管理士期間，基於凌虐之犯意，挾其身為管理士對禁閉（悔過）生實施體能訓練之威勢，於102年7月3日6時34分至7時44分許長達70分鐘之晨間活動期間，命洪仲丘、鄭○○、游○○及宋○○等4員禁閉（悔過）生，依序密接操作波比操（共八式）中之深蹲跳躍53次、彈跳伸展47次、傘兵操約4分鐘、伏地挺身48次、仰臥抬腿39次、伏地挺身30次、交互蹲跳43次、傘兵操約4分鐘、開合跳197次及加強型伏地挺身(以雙手食指及拇指相接成心型，並將雙腿置於板凳上操作)48次等動作。
且各項目間亦僅予短暫之休息時間，以如此殘酷虐待之訓練方式，足致同受操課之禁閉（悔過）生身心痛苦疲憊，而產生凌辱苛虐之感受，實與人道相違，已遠超越一般人體能所能承受之程度，更遑論連日疲勞累積而體力下滑之洪員，洪員自該節課訓練之始，即因體力無法負擔，每項動作均有遲延，已完全無法跟上其他禁閉（悔過）生之操作速度，陳毅勳亦未注意即時予以適度休息，反變本加厲，於洪員補足操作次數後，旋命所有禁閉（悔過）生接續進行次一項目之操作，致洪員在長達70分鐘密集操練過程中，無從獲得充足之休息。
甚至洪員因操練過度向陳員反映需補充水分，陳毅勳竟出言：「剛剛上課前才給你們喝過，現在又要喝，耍我啊？」相譏，未予即時補充水分，迨操作加強型伏地挺身時，洪員因體力不支，上半身已趴至地面上，且不時因腿力無法負荷而雙膝跪地，並二度向陳員反映身體不適，陳員全然漠視洪員身體狀況已瀕臨極限，不堪再施加任何訓練，非旦未立即讓洪員休息，反以言詞嘲諷曰：「10幾下的時候你反映做不下去了，但也已經做了30幾下了」，迫使洪員繼續操作，洪員身處禁閉室環境下，無法違抗管理士之指揮命令，其累積疲勞之身體實已不堪負荷，僅得勉強超乎自己體力、能力，以配合陳員之要求，勉力硬撐完成訓練。
洪報告喘不過氣來
「我不是開玩笑」
7月3日16時23分許，輪由李念祖對洪仲丘等4員禁閉（悔過）生實施體能活動課程時，李員亦疏未注意當時危險係數已達41，未依規定調整操課場地，亦未對洪仲丘體力透支之情形加以注意，仍依課表對洪員等禁閉（悔過）生實施伏地挺身、仰臥起坐及跑步等體能訓練。
迨17時28分許訓練結束後至悔過室內休息，洪仲丘於17時33分許舉手向當時在安全士官桌之李念祖說「報告班長，我氣喘不過來」，李念祖回答他：「你還可以嗎？」，洪員說：「我剩3天就要退伍了，我不是開玩笑」李念祖先去找簡易急救箱尋找氣喘藥劑未果，便要洪仲丘先調整呼吸，並走到禁閉（悔過）室鐵門，請黃冠鈞幫忙找陳嘉祥前來處理後回到禁閉（悔過）室，看到洪仲丘在禁閉（悔過）室安官桌旁，李念祖問洪員有沒有舒緩一些？，